En su hábitat natural, el Tapir posee hábitos solitarios, a excepción durante la época de apareamiento o cuando la madre deambula con su cría. Si aparecen más de tres, seguramente hay que atribuirlo a la existencia de algún pasto rico y abundante, y el hecho es circunstancial. Posee hábitos principalmente nocturnos, aunque suele estar activo durante todo el día. El Tapir marca el territorio con orina y marcas olfativas que dejan con sus glándulas faciales.
El cuerpo del Tapir está adaptado a la espesura de las selvas donde habita. Realiza caminatas y abre caminos que vuelve a utilizar una y otra vez, formando profundos carriles entre la maleza, lo que facilita su detección. Cuando el Tapir camina, lo hace husmeando el suelo y el aire con su trompa, que balancea de un lado a otro. En lugares donde no es perseguido, el Tapir se muestra confiado y suele observar con curiosidad, o sencillamente ignorar, al hombre que pasa a su lado.
Los cuerpos de agua le permiten refugiarse y activar, como los hipopótamos, el funcionamiento del aparato digestivo, por lo que defeca en el agua o en sus proximidades.
Es un hábil nadador. Por las mañanas acostumbra a bañarse en cualquier cuerpo de agua próximo, lo cual le permite refrescarse y liberarse de los molestos insectos y parásitos, aprovechando para comer alguna planta acuática. También disfruta de los baños de barro. Para huir de sus enemigos, se arroja al agua y bucea.
Cuando está asustado y lejos del agua, al tratar de huir puede chocar contra los árboles con tanta fuerza que llega a perder el sentido. Asimismo, es capaz de arremeter en ciega carrera contra quien le cierre el paso.
Parecería que entre los Tapires no hay una estación determinada para la reproducción aunque, según algunos autores, la época de celo precedería a la estación de las lluvias.
El celo dura unos cuatro o cinco días, período durante el cual el macho y la hembra se mantienen juntos. El cortejo supone agitados juegos que fundamentalmente se realizan de noche y muchos de ellos, en el agua. El macho persigue a la hembra rozándola y mordisqueándole las orejas, mientras ésta intenta morderle las patas. En medio de silbidos característicos, agudos gritos y resoplidos ensordecedores, ambos se olfatean, girando sobre sí mismos y golpeando con el hocico el vientre del compañero.
La gestación es de, aproximadamente, catorce meses y, aunque existen datos de nacimientos producidos en toda época, parecería que es en marzo cuando se produce la mayor cantidad.
Próxima a parir, la hembra elige lugares abrigados y tranquilos cuya vegetación le permita ocultar la cría. Nace una por camada y excepcionalmente, dos. El recién nacido pesa entre 4 y 10kg. y posee un pelaje completamente distinto al de sus padres, con rayas y manchas amarillentas sobre un fondo pardo rojizo, volviéndolo invisible en la espesura de la selva. Hacia los 6 meses, el joven pierde dichos caracteres y se vuelve igual al adulto.
La madre amamanta a la cría hasta el año de vida. En los primeros 10 días el pequeño no acompaña todavía a la madre y permanece solo en su refugio, mientras aquella se alimenta. Al cabo de unos meses, ya está preparado para hacer frente a sus necesidades. Aunque, en realidad, el crecimiento es bastante lento y la edad adulta solo se alcanza a los 3 o 4 años.
Sus principales predadores son: el yaguareté y los yacarés, aunque el puma podría atacar a las crías. Éstas también podrían ser atacadas por el águila harpía y la lampalagua.
